在房屋租赁合同中，如果双方已经明确约定了仲裁条款，那么发生纠纷时并不必须去法院诉讼。根据《中华人民共和国仲裁法》第四条，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。这意味着，只要合同条款中包含了有效的仲裁条款，并且双方同意通过仲裁解决争议，那么仲裁将成为解决纠纷的首选方式，而非法院诉讼。因此，在存在有效仲裁条款的情况下，双方应首先尝试通过仲裁解决纠纷。
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若双方对仲裁条款存在争议，处理方式如下：
1. 双方可尝试协商，明确仲裁条款的具体内容和适用范围，以达成共识。
2. 若协商无果，一方可向法院申请确认仲裁协议的效力，由法院根据法律规定作出判断。
3. 根据法院的决定，双方再决定是否通过仲裁或诉讼方式解决纠纷。
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从法律角度，确保房屋租赁合同中的仲裁条款有效，需做到以下几点：
1. 双方应明确、具体地约定仲裁条款，包括仲裁机构、仲裁规则等。
2. 仲裁条款应基于双方自愿，不得存在欺诈、胁迫等情形。
3. 仲裁条款应符合《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，如仲裁事项具有可仲裁性等。

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